蛋白质是生命的物质基础,每个蛋白质的氨基酸链扭曲、折叠、缠绕成复杂的结构,想要破解这种结构通常需要花很长的时间,甚至难以完成。截至目前,约有10万个蛋白质的结构已经用实验方法得到了解析,但这在已经测序的数10亿计的蛋白质中只占了很小一部分。
但“看清”蛋白的结构和人类的很多疾病机理、药物研发等等息息相关。在蛋白质结构解析的几十年历史中,X射线晶体学、核磁共振波谱学(NMR)、冷冻电镜(Cryo-SEM)技术纷纷发挥了巨大的贡献,但这些技术在科学界看来,都有着劳心劳力又价格高昂的缺点。
如何简单地通过蛋白质的氨基酸序列来预测其形状?如何能解答这一问题,了解生命运作方式的将打开截然不同的一扇窗。这种设想提出的50多年后,谷歌旗下人工智能公司DeepMind在去年12月的国际蛋白质结构预测竞赛CASP上投下重磅,他们开发的基于神经网络的新模型AlphaFold2击败了其他选手,在预测准确性方面达到接近人类实验结果,让整个结构生物学界震惊。
北京时间7月15日,DeepMind团队在顶级学术期刊《自然》(Nature)以“加快评审文章”(AcceleratedArticlePreview)形式在线发表了一篇题为“HighlyaccurateproteinstructurepredictionwithAlphaFold”的论文,全面详述了半年前造成轰动的这一模型,并首次对外分享开源代码。该论文于今年5月11日提交,7月12日被接收。DeepMind团队向澎湃新闻(
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